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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
Data corrente: |
20/10/2011 |
Data da última atualização: |
20/10/2011 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
Autoria: |
VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. |
Afiliação: |
RAMON VIDAL, UNICAMP; LUCIA PIRES FERREIRA, CBP&D/Café/IAPAR; SERGIO DIAS LANNES, CBP&D/Café/IAPAR; LUIZ G. E. VIEIRA, CIRAD/UMR DAP; JORGE MONDEGO, UNICAMP; MARCELO, F. CARAZZOLE, UNICAMP; GONÇALO A. PEREIRA, UNICAMP; DAVID POT, LBI-AMG IAPAR; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
Título: |
Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. |
Ano de publicação: |
2009 |
Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café. |
Idioma: |
Português |
Conteúdo: |
Polimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal, enquanto que os genes de C. canephora estão envolvidos com sinais de tradução e regulação da expressão gênica. Análises in vivo estão sendo realizadas através do sequenciamento de diversos genes em 24 genótipos de Coffea sendo 12 de C. arabica, 9 de C. canephora e três de outras espécies de Coffea, para uma analise maior da diversidade nucleotídica do gênero. Resultados referentes ao sequenciamento do gene de sacarose fosfato sintase (SPS) apresentaram 21 polimorfismos, sendo a maioria interespecíficos (C. arabica, C. canephora, C. eugenioides e C. racemosa). Para os genótipos de C. canephora foram observados nove polimorfismos intraespecíficos. Já os polimorfismos encontrados entre os genótipos de C. arabica forma os mesmos detectados entre C. canephora e C. eugenioides. MenosPolimorfismos de modificações nucleotídicas (SNPs ? Single Nucleotide Polymorphisms, INDELs ? Insertion / Deletions) têm uma alta freqüência nos genomas da maioria dos organismos, incluindo plantas. Eles vêm se tornando a escolha principal de marcador para trabalhos de melhoramento, genotipagem e diagnóstico. A identificação destes polimorfismos irá fornecer marcadores que poderão ser utilizados para o mapeamento genético, estudos de genética de população e de associação. Portanto, os objetivos deste trabalho foram: 1) identificar in silico SNPs e INDELS existentes em seqüências de ESTs disponíveis; e 2) analisar a diversidade nucleotídica em Coffea spp. Um pipeline para identificação de SNPs e INDELs foi desenvolvido utilizando seqüências de ESTs disponíveis de Coffea spp. Foi utilizado uma estratégia para detecção de SNPs em dentro de 23.019 contigs. Um total 23.062 SNPs e 2.165 INDELS foram encontrados em 5184 contigs que continham pelo menos quatro ESTs. Analises in silico permitiram a identificação de diferentes alelos de C. canephora e C. eugenioides que estão presentes em C. arabica. A maioria dos ESTs de C. arabica vieram de apenas dois alelos, uma evidência molecular sobre a especiação de C. arabica. De acordo com essas análises cerca de 55% das seqüências de C. arabica são derivadas do genoma de C. eugenioides e 45% de C. canephora. Além disso, foi possível observar que o genoma de C. eugenioides contribui principalmente para genes relacionados a metabolismo basal,... Mostrar Tudo |
Palavras-Chave: |
INDEL; Mapeamento; SNP. |
Thesagro: |
Genoma. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/43989/1/Analise-in-silico-e-in-vivo.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Registros recuperados : 22 | |
1. | | LANNES, S. D.; AIRES, R. F.; CASTRO, R. L. de; CAIERÃO, E. Adaptabilidade e estabilidade de cultivares de trigo para a região sul do Brasil, na safra de 2014. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes - Trabalho 121. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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2. | | LANNES, S. D.; AIRES, R. F.; CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; TOIGO, M. C. Adaptabilidade e estabilidade de cultivares de trigo para região sul do Brasil, na safra 2015. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 10., 2016, Londrina. Anais... Londrina: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2016. 5 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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4. | | IVAMOTO, S. T.; POT, D.; LANNES, S. D.; DOMINGUES, D. S.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Diversidade nucleotídica de genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos de cafeeiros. Coffee Science, Lavras, v. 8, n. 2, p. 148-156, abr./jun. 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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6. | | FAGUNDES, P. R. R.; TERRES, A. L.; RANGEL, P. H. N.; LANNES, S. D.; SILVA, G. F. dos S. Melhoramento de arroz irrigado na EMBRAPA/CPACT: 5. Selecao recorrente: avaliacao de familias So:2 e extracao de linhagens 1995/96 e 1996/97. In: REUNIAO DA CULTURA DO ARROZ IRRIGADO, 22., 1997, Balneario Camboriu, SC. Anais. Itajai: EPAGRI, 1997. p. 93-96.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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7. | | CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; SÓ E SILVA, M.; SCHEEREN, P. L.; AIRES, R. F.; LANNES, S. D. Performance of wheat cultivars in the state of Rio Grande do Sul, Brazil, in 2014. Annual Wheat Newsletter, Manhattan, v. 62, p. 3-4, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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8. | | VIDAL, R.; FERREIRA, L. P.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; MONDEGO, J.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A.; POT, D.; PEREIRA, L. F. P. Analise in silico e in vivo da diversidade nucleotidica em Coffea ssp. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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9. | | VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; COLOMBO, C. A.; VIEIRA, L. G. E. Obtenção de marcadores moleculares por meio de PCR-RFLP de genes relacionados com qualidade em café. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Resumos expandidos. Brasília, DF: Embrapa Café.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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10. | | POT, D.; SCHOLZ, M. B. dos S.; LANNES, S. D.; DEL GROSSI, L.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; SERA, T. Phenotypic analysis of coffea arabica accessions from ethipia: contribution to the understanding of coffea arabica diversity. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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11. | | LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D. Polimorfismos nucleotidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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12. | | LANNES, S. D.; BOUCHET, S.; FERREIRA, L. P.; LEROY, T.; IVAMOTO, S. T.; MARRACCINI, P.; PEREIRA, L. F. P.; VIEIRA, L. G.; POT, D. Polimorfismos nucleotpidicos de genes envolvidos nas características químicas do grão de café. Complementaridade das estratégias in silico e in vivo. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 5., 2007, Águas de Lindóia, SP. Anais... Brasília, DF: Embrapa Café, 2007. Biotecnologia aplicada à cadeia agroindustrial do café.Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica | Circulação/Nível: -- - -- |
Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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13. | | FAGUNDES, P. R. R.; MAGALHAES JUNIOR, A. M. de; TERRES, A. L.; RANGEL, P. H. N.; NEVES, P. C. F.; GUIMARÃES, E. P.; CUTRIM, V. dos A.; LANNES, S. D. Avaliação do rendimento de grãos e de outras características agronômicas, de híbridos de arroz irrigado, na região sul do Rio Grande do Sul. In: REUNIÃO NACIONAL DE PESQUISA DE ARROZ, 6., 1998, Goiânia. Perspectivas para a cultura dos arroz nos ecossistemas de várzeas e terras altas: resumos expandidos. Goiânia: Embrapa-CNPAF, 1998. v. 1. p. 208-211. (Embrapa-CNPAF. Documentos, 85).Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão. |
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14. | | COLOMBO, C. A.; YAMAMOTO, P. Y.; RAMOS, L. C. S.; MAZZAFERA, P.; GALLO, P. B.; VILELLA, O. T.; LANNES, S. D.; POT, D.; FERREIRA, L. P.; VIEIRA, L. G. E.; PEREIRA, L. F. P. Novos marcadores para fins de mapeamento e localização de QTLs a partir de PCR-RFLP de genes de genoma café brasileiro. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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15. | | CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; TOIGO, M. De C.; AIRES, R. F.; LANNES, S. D.; EVANGELISTA, A.; ROSA, A. C.; SANTOS, F. M. dos; FRANCO, F. de A.; ALMEIDA, J. L. de; PACHECO, M. T.; SÓ E SILVA, M.; CARAFFA, M.; GABE, N. L.; SCHEEREN, P. L.; ROBERTO CARBONERA, R.; OLIBONI, R.; KAVALCO, S. A. F.; TONON, V. D. Adaptabilidade e estabilidade das cultivares de trigo avaliadas no ensaio estadual 2016. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 11.; FÓRUM NACIONAL DE TRIGO, 2017, Cascavel. Resumos expandidos... Cascavel: Coodetec, 2017. p. 157-161.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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16. | | PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; VIEIRA, L. G. E.; FERREIRA, L. P.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A. Construção de um mapa genético a partir de uma população F2 derivada do cruzamento entre Coffea arabica e C. canephora e Sua utilidade para qualidade de bebida. In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 6., 2009, Vitória. Inovação científica, competitividade e mudanças climáticas : anais. Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2009.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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17. | | PRIOLLI, R. H. G.; RAMOS, L. C. S.; POT, D.; MOLLER, M.; GALLO, P. B.; PASTINA, M. M.; GARCIA, A. A. F.; YAMAMOTO, P. Y.; LANNES, S. D.; FERREIRA, L. P.; SCHOLZ, M. B. S.; MAZZAFERA, P.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, L. F. P. Construction of a genetic map based on an interspecific F2 population between Coffea arabica and Coffea canephora and its usefulness for quality related traits. In: INTERNATIONAL CONFERENCE ON COFFEE SCIENCE, 22., 2008, Campinas.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Café. |
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18. | | AIRES, R. F.; LANNES, S. D.; CASTRO, R. L. de; CAIERÃO, E.; SÓ e SILVA, M.; KAVALCO, S.; CARBONERA, R.; CHACON, C. D. S.; SANTOS, F. M. dos; CARAFFA, M.; OLIBONI, R.; WAGNER, J.; TONON, V.; PACHECO, M. T.; ALMEIDA, J. L. de; ROSA, A. C.; BELTRAME, A. B.; MARCHIORO, V. S.; GABE, N. L. Ensaio estadual de cultivares de trigo 2014. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 8.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 9., 2014, Canela; REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 9.; SEMINÁRIO TÉCNICO DO TRIGO, 10., 2015, Passo Fundo. Anais... Passo Fundo: Biotrigo Genética: Embrapa Trigo, 2015. 2015-Melhoramento, Aptidão Industrial e Sementes-Trabalho 144. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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19. | | AIRES, R. F.; LANNES, S. D.; CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; TOIGO, M. C; SÓ E SILVA, M.; KAVALCO, S.; CARBONERA, R.; SANTOS, F. M. dos; CARAFFA, M.; OLIBONI, R.; WAGNER, J.; TONON, V.; PACHECO, M. T.; ALMEIDA, J. L. de; ROSA, A. C.; EVANGELISTA, A.; GABE, N. L. Ensaio estadual de cultivares de trigo 2015. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 10., 2016, Londrina. Anais... Londrina: Comissão Brasileira de Pesquisa de Trigo e Triticale, 2016. 5 p. 1 CD-ROM.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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20. | | CASTRO, R. L. de; CAIERAO, E.; TOIGO, M. De C.; AIRES, R. F.; LANNES, S. D.; EVANGELISTA, A.; ROSA, A. C.; SANTOS, F. M. dos; FRANCO, F. de A.; ALMEIDA, J. L. de; SÓ E SILVA, M.; PACHECO, M. T.; CARAFFA, M.; GABE, N. L.; SCHEEREN, P. L.; CARBONERA, R.; OLIBONI, R.; KAVALCO, S. A. F.; TONON, V. D. Ensaio estadual de cultivares de trigo 2016. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE TRIGO E TRITICALE, 11.; FÓRUM NACIONAL DE TRIGO, 2017, Cascavel. Resumos expandidos... Cascavel: Coodetec, 2017. p. 206-210.Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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